- i -

• i : LocARNA::ArcMatches::tuple5
• IADmat : LocARNA::AlignerN
• IAmat : LocARNA::AlignerN
• IBDmat : LocARNA::AlignerN
• IBmat : LocARNA::AlignerN
• identity : LocARNA::Scoring
• in_loop_probs_available_ : LocARNA::RnaEnsembleImpl
• initM : LocARNA::PairHMMMatchProbs::PairHMMParams
• initX : LocARNA::PairHMMMatchProbs::PairHMMParams
• initY : LocARNA::PairHMMMatchProbs::PairHMMParams
• inner_arcmatch_idxs : LocARNA::ArcMatches